草原攻打京城，为了避免京城的防御出乱子，所以保留了五城兵马司的军事职责，让他们仍旧负责城门守卫。
东西南三个兵马司的指挥，更是兼做三城区最高官员，名义上掌管三署。
这个状况，显然让人觉得很别扭。李邦华等建议在三城区成立守备区，就有彻底废除五城兵马司的用意。
秦士文则认为五城兵马司的城门守卫工作不应轻易改变，如今可融入卫所，负责那一带的征兵，以及遇到战事时征召预备役守城门。
朱由检斟酌着这番话语，觉得有点可行性。但是五个卫明显还是太少，将来执行戒严时不够强力。
想着京城各处的城门，他在思考之后说道：
“一个兵马司守两三个门，实在分身乏术。”
“朕看应该在一个城门附近的坊市安排一个卫，上面由五城兵马司指挥。”
“五城兵马司以后也直接属于五军都督府，按所处方位分属五府，由五府都督兼任兵马司指挥。”
这样一个调整，让勋贵终于又激动起来，因为五军都督府又多了一点职权。
尤其是五城兵马司职责重要，皇帝让他们掌管，明显是对他们更信任。
勋贵之首的张维贤，这时终于站出来道：
“臣在五府任职时，一直耻于未能领兵上阵。”
“如今陛下让五府掌五军营和五城兵马司，臣等敢不尽心？”
带着一众勋贵，支持皇帝把五城兵马司划归五军都督府。
袁可立等文职军官，则对此纠结起来。
一方面，他们对于五城兵马司指挥兼任三城区最高长官是不满的，想要仿涿鹿区设区长，完全把京城的治理权争过来。
另一方面，他们又不想放弃京城的兵权，让勋贵通过五军都督府，掌握京城的兵权和城门守卫。
直到此时，袁可立方才方才隐隐想明白，皇帝在设立城区三署时，要把五城区为何改为三城区。
因为这样一来，五城兵马司和三城区的辖区，就不完全重叠。三城区的官员想要干涉五城兵马司的军事事务，将会非常困难。
以前制约着五城兵马司的巡城御史等官，将会对他们失去威慑力。
尤其是五城兵马司和五军营分属五军都督府后，五军都督府这个以前几乎被架空的机构，会在京城这个最重要的地方，拥有很大的影响力。
京城的影响力又很容易转化为朝堂上的影响力，这代表着勋贵将会起势，至少有了基本盘。
参谋部职方司有确定编制的职责，杨嗣昌这时询问道：