这让自诩擅长治理地方的文官，如何愿意接受。他们大多认为孙传庭在走退路，是向国初倒退。
国初是没有办法，才让武将治民。现在文官众多，为何要把治理的权力让出去？
所以很多人开始弹劾孙传庭，甚至有些人认为他包藏祸心，想在陕西自立。
对于这些言论，已经下定决心的朱由检，自然没有理会。
他把陕西戒严的事情，交给了兵部尚书袁可立——
由兵部尚书主持，在中军都督府廷议。
袁可立知道这件事对于自己来说，称得上又一个考验。
如果不能按实际情况做出有利于朝廷的决策，他这个被视为宰相的兵部尚书，在皇帝心中的地位毫无疑问会降低——
以后即使设立枢密院，他也不可能成为枢密使，成为枢辅大臣。
所以他对这件事很重视，和很多有资格参加廷议的大臣交流，摸清他们的态度。
在得知很多人反对的并不是陕西戒严，而是孙传庭的都司卫所化提议后，他向这些人道：
“即使陕西戒严，陛下也不会对陕西的事情完全独断。”
“辽东和贵州都在戒严，陛下有因为戒严令，就无视群臣的意见吗？”
对于这件事情，群臣是肯定的。当今皇帝虽然有些揽权，却更舍得放权。
除了海外的事情，辽东和贵州这两个戒严区，皇帝更多地是交给前线大臣决断。
在袁可立一再劝说下，很多大臣虽然怀着疑虑，却还是通过了陕西戒严提议——
毕竟这是皇帝早就提出的，皇帝又早就预测了陕西旱灾的严重性，甚至预测接下来十几年都会发生旱灾。
在不能否认这件事的情况下，他们只能同意戒严，预防陕西变乱。
袁可立拿到这个结果后，立刻上报皇帝。
朱由检十分喜悦，因为这代表着，他获得了处理陕西事务的全权。以后陕西如何治理、陕西官员怎么任命，完全由他说了算。
在听到袁可立代表群臣请求，不能完全按孙传庭的意思把整个陕西变成卫所、要保留陕西三司后。朱由检结合群臣的意见和自己之前的想法，在陕西地图上涂涂画画，决定道：
“陕西三司保留，但是甘肃那边的陕西行都司，以后改称甘肃都司。”
“由甘肃总兵负责甘肃都司的卫所军队，甘肃巡抚改称护军使，建立护军府理政。”
“宁夏同样如此，宁夏总兵负责军令，宁夏护军使负责政令。”
这两个地方原本就是卫所，如今是进一步明确权责，由