奈克赛斯和黑暗梅菲斯特两人展开过多次死斗，但因为实力不相上下，始终没有结果。
黑暗梅菲斯特召唤被姬矢准消灭的第一头异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，被压制而陷入苦战，最终在夜袭队的援助下险胜。
虽然战胜了地狱三头犬，但因为经过多番战斗，姬矢准的身体已破损不堪，在击败格鲁格来姆后又被tlt捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。
奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承，当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。
战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。
孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
tlt亦对千树怜起了疑心，派出mp的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。
在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被tlt捉住，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决定在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。
在同一时间，未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与mp的三泽广之融合，诞生了黑暗梅菲斯特第二代，向众人袭来。
孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特第二代攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯特二代，不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特二代抓住，奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里。
作为“普罗米修斯之子计划”的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克赛斯