剧场版《q》的开端。
联合国派遣军队把nerv总部周围重兵把守，但由于总部地面的一切防御和堡垒都在力天使战斗过程中几乎全部摧毁，只留下总部的自爆程序。
联合国现在当务之急就是要把nerv总部所有数据保存带走，地下中央教条区域进行封印处理，被封印的初号机也要一并带走。
可以到后面联合国失误，初号机最后还是没有被带走。
nerv总部司令办公室
碇源堂拿着手中的文件静静看，冬月耕造坐在一旁拿着棋谱一边看一边用手在桌子上比划。
就在这时，加持敲门进来。
碇源堂的眼镜反射着白光对加持问：“你们那边处理的怎么样？”
加持咧嘴一笑：“嗐，救灾行动还在。就是转移平民就有些困难，上面大部分区域都被反立场核化，地面污染不适合人类久留。现在的主要任务就是把平民送往其他城市扩散，nerv总部所有成员到指定时间内被联合国护送离开这里。”
碇源堂语气不紧不慢道：“被封印的初号机也要一同转移，现在没有时间把碇真嗣从初号机内脱离出来。而且如果距离下一个使徒很快到来，能应用的机体现在只有两台。”
其实碇源堂就是要让第十二使徒闯入地底下的中央教条区域，从而让六号机下去阻止。
至于为什么要让六号机前往中央教条区域组织？
原因是六号机本身就是月球上被发现的第六个亚当。
被selle从中抽离灵魂，巨大的身躯制作如今mark.06号eva机体，灵魂则是放入一个少年的躯体，变成第一使徒——渚薰。
亚当的后代回归亚当，莉莉丝的后代回归莉莉丝。
第十二使徒回归亚当也就是融合了mark.06号eva机体，在开启第三次冲击仪式的基础上，还要献祭一个使徒。
也就是把莉莉丝给杀掉，然后成功引发第三次冲击，把全球范围的陆地生物差不多全部净化。
第二次冲击净化了海洋，第三次冲击净化了陆地，第四次冲击净化了灵魂。
在《新世纪福音战士：q》的剧情中，出现的无头初号机并非新生命体，而是初号机在特定状态下的形象。
在第三次冲击发生后，大地上出现了许多长得像eva的红色无头形象，被称为“infinity”。它们是人类灵魂的物质化，因第三次冲击被中途阻止，没有汇聚到guf之门而形成。在外形上与初号机有相似之处，但并非真正的初号机。
初号机本身