，若能加以妥善之整编，少说可得四五万战卒，以此四五万击彼两千，莫说荀贼，便是贼朝廷的援军来也不足惧！”
何曼本就支持他整编，现在受了荀贞的“侮辱”，更不会反对他的提议，说道：“上师所言极是。京师昨日又送来线报，说贼朝廷的援军不日就要东入颍川，无论是报荀贼此仇，还是迎击贼朝廷援军，都非得整编全军不可。只是……。”
“只是什么？”
“很快就能打下父城了，如果现在改变会不利攻城。以曼之见，不如等取下父城后再行整编之事。”
“好！我亲自督阵！”
波才发愤图强，和何曼商议定了，把部下的渠帅、小帅全都召来，下了严格的军令：“全军攻城！”本来只攻东城墙一面，现在同时进攻四面城墙。他披甲提剑，驰马行驰，带着一队甲士，在攻城的部队外来回兜转，督促各部倾尽全力进攻。
父城本就摇摇欲坠，难以支撑了，如今又被波才、何曼这一发愤，未到晚上城池已陷。
波才、何曼纵兵入城，先坑杀了五官掾闳某等守城的吏、卒，接着尽屠县中诸姓。因为恼恨父城顽抗多天，为了一挽连败的颓气，又不约束士卒，整整烧杀掠夺了一夜。县中百姓一夜死者上千，尸横於道，血流满城，到处是悲痛大哭的妇孺，街上来往尽为提刀荷锄、负钱挟美的兵卒。闳、冯等大姓在城中的族人、子弟被杀了一个精光，有的房屋被点火烧着，黑烟滚滚，遮掩了半个县城。
略作休整后，波才、何曼分兵两路。
何曼带着上万本部精壮，东出父城，会合了驻扎在巾车乡的数千黄巾军兵卒，挟大胜之威，围攻昆阳，欲再接再厉，把昆阳也打下来。
波才则带着其余六七万的人马留在父城，一边分兵攻打父城周边乡里豪强大族的坞堡庄子，搜略粮食财货，一边全力进行整编。
上次整编，一因急於南下，二因部众多不情愿，故此草草收场，只有波才、何曼两人的嫡系完成了整编。这一次波才下了决心，加上有何曼的全力支持，部众中虽仍有不情愿的，却也难以再构成什么阻力了。
十几个县的道众同时进行整编，波才亲去各县营中督查，有阳奉阴违或迟缓太慢的，或鞭笞、或训斥，雷厉风行，只用了两天，就初步完成了改编，得精壮能战者三万余人，加上何曼带走的上万战卒，共得战卒近五万人，其中精卒五千，骑近千。
五千精卒中有千人是波才原本的嫡系甲士，其余的则是分从各县道众中选出的勇士，为了加强他们的战斗力，波才又下令从全军中搜集铠甲