诚如皇帝所说，只要致仕后不胡乱插手、知道逆谋后就检举，皇帝又何必担着杀戮老臣的名声，非得把他们杀掉呢？
尤其是一些人看着皇帝年轻的面庞，感觉更是欣慰：
纵然大明的皇帝大多不长寿，当今皇帝至少也有二十年的寿命。
他们这些老臣，大多会在皇帝年老前死去。
所以，他们可以放心地建功立业，不用担心当今皇帝会杀戮功臣。
不过，也有一些人下定决心不要恋栈权位，免得皇帝觉得自己的权力太大，在生病的时候会出于担心把自己除去。
可以说，司马懿的行为，至今仍在贻害，影响君臣间的互信。
一些人因此更加感谢诸葛亮，明白了诸葛亮为何被历朝推崇的原因——
实在是大家都期望君臣相得，不希望皇帝因为一些猜忌，就胡乱杀戮君臣。
皇帝同样期望臣子有诸葛亮的忠心，对诸葛亮最开始推崇的皇帝，就是司马懿的后人司马炎。然而司马家得国不正，最终仍旧被刘裕所篡。
大明现在是没有这种权臣的，朱由检毫无顾忌地讲解了自己的看法后，又向群臣说道：
“李善长的罪过，说谋逆有些牵强，但是谁也不能确定他是否有逆心。”
“所以他的罪行不变，仍按太祖时的审判。”
“但是他的功劳也是实实在在的，应当列入功臣庙。”
“希望他成为城隍之神见了太祖后，会向太祖忏悔。”
定下这个原则，朱由检道：
“太祖功臣、成祖功臣，和紫阁功臣按同样规格封赠。”
“李善长的后裔若成功开藩，朕许其世袭伯爵之位。”
“但是李世选排除在外，他是流放罪人。”
这个处置，让刚刚身怀戒惧的群臣，感到一阵安心。
当今皇帝还是宽洪大量的，这相当于实际赦了李善长的罪。
他们商议之下，为李善长恢复了职位爵位勋级，并且追谥襄愍，有怜悯昭雪的意味。
李善长的长子李祺被追赠韩城伯，他的后裔可承袭这个爵位，前提是去海外开辟封地。
李善长的后面，又有太祖封爵不受的朱升、姑孰郡公陶安、南阳郡侯叶琛、开国文臣之首宋濂、功不在诸将后的章溢这五位文臣，同样被列入功臣庙，可以配享太庙。
宋国公冯胜、颖国公傅友德，因为和李善长一样的原因被赐死，同样实际赦免。他们被追谥为武壮、武靖，后裔可承袭伯爵爵位——
这两人多有文官为他们说话，尤其是傅友德的后裔，和很