如今是大争之世，世界各国的距离遥远，大明没能力让所有国家臣服，都来大明朝贡。
所以对外交往的政策必然是要变化的，不可能在找盟友的时候，都要收为藩属才肯往来。
朱由检早已决定，帮当今之世看成春秋战国那样的大争之世，和一些有实力的国家，进行相对平等的往来。
外交部的职责，也因此变得非常重。它需要理清大明和各个国家的关系，并且按照需求，和一些国家制定盟约。
朱由检给外交部的第一个任务，就是和谋求独立的葡萄牙权贵签订秘密盟约，希望能以相对和平的方式，接收一些葡萄牙的殖民地——
在它们遭受荷兰等国抢夺时，能够像满剌加一样内附大明，化为大明的自贸区：
“自贸区是一个好制度，满剌加商人愿意内附，已经说明了这一点。”
“对于内附的自贸区，可给予自治权力，看做没有领主的内藩，参考泰西的自由市。”
“以后自贸区的管理，理藩院也要担起来。”
这是朱由检对海外开拓的尝试，他希望在世界各地建立多个自贸区，方便大明商人贸易。
如今大明的手工业技术和产量都遥遥领先于其它国家，开展自由贸易，最有利于大明商人。
朱由检希望世界各地都能开放市场，促进大明的工业化。
所以他在分封领主之外，尝试建立没有领主的自贸区。
这样的自贸区设置会更自由，能够吸引不愿当领主子民的人。
泰西人、天方人等不同种族和宗教信仰的人，也都能居住在自贸区。
除了葡萄牙之外，朱由检针对西班牙的政策，暂时也是以交好为主。
一是大明没有力量同时把西班牙与荷兰赶出去；二是现在的大明，需要西班牙人运来的白银。
朱由检打算派人和新西班牙总督任命的菲律宾总督谈一下，要求新西班牙总督区多往大明运送白银，秘鲁总督区的鸟粪、硝石和铜矿，大明也能接受。
利用贸易捆绑，暂时拉拢住西班牙。
然后集中力量，把在南洋四面出击的荷兰人、刚进入南洋的英格兰人，率先驱逐出去。
他希望能掌握南下大洋洲的通道，把大明的藩王，分封到大洋洲去——
这是朱由检为大明宗室选择的自留地，他打算把整个大洋洲，都留给老朱家自己人。
这样纵使将来有变，老朱家也能在大洋洲存活。不至于像历史上那样，几乎被清朝杀绝。