旧分管自己的部门。
只是因为五院级别被皇帝统一定为正一品，政务院领头的六部尚书等官员，理论上能升为正一品——
五院平常以正二品官员主事，但可以由更高品级的大臣担任。
都察院也因此升格，从正二品衙门升为正一品衙门。
朱由检这样设置的主要目的，是想把一些致仕大臣任命在自己掌握的理藩院。让这些人发挥余热，牵制一下掌权的内阁大学士和九卿——
理藩院掌院所拥有的权力，相比后世的美国国务卿也不遑多让。
有能力的大臣担任这个职位，完全能成为朝堂上最重要的官员之一。
可以说，这五院的设立，朱由检虽然刚确定没多久，其实却大多早有想法，甚至可以看做是去年机构调整的延续。
大部分衙门也打下了基础，调整起来有条不紊。
但是有一个朱由检没想到的变化，那就是大理寺被升为大理院后，九寺少了一寺。
一些大臣对六部八寺的说法不习惯，提议增设一寺。
户部尚书毕自严就提出，应该把太府寺的农业事务分开，另外成立司农寺——
现在的太府寺职权实在太大了，几乎和户部相当。所以他提议分权，把农政总署、粮食总署分出去成立司农寺。
朱由检考虑之后，同意了这个提议。
一是农业事务确实重要，值得单独设立一个衙门。
二是六部八寺确实不好听，九寺更加符合古制，更容易让官员接受。
而且多出司农寺卿后，小九卿也不用翰林院掌院凑数，直接把九寺正卿列上去就行了。
朝堂上很多官员，也因此赞同设立司农寺的提议。
户部自此之后，分立出太府寺和司农寺。一共三个衙门，执掌大明国计。
还有人仿照前宋的称呼，把三个衙门合称为三司。负责的官员称计相，也就是三司使的别称——
当然，因为太祖明令禁止设相，更多的还是被称为计臣。
政务院户部尚书，也被视为事实上的宰辅，经常被加从一品弼政大臣衔，成为兵部尚书权力被削弱后，新的九卿领袖之一。
（调整后户部及其督导的太府寺、司农寺合称三司，或者说三计司，和三法司区分）
第一任司农寺卿，还是由郭允厚担任。
因为他喜欢大司农的称呼，而且对农业事务更擅长。
所以他主动放弃了权力相对更大的太府寺卿，担任司农寺卿。
空出来的太府寺卿，则由专督钱法侍郎董应举转任。