他对当今皇帝毫无了解，也不觉得自己和皇帝有什么交情。想来想去，只能把自己起复的原因，归结为当初防备白莲教的功绩。
来到陕西之后，看到一路上的盗匪，他更确认了自己的想法，知道现在陕西最重要的，就是平定盗匪。
为了确认自己的想法，孙传庭一路轻车简从、在陕西秘密查访时，仍没有放弃对朝廷的关注。
在从邸报上看到，朝廷任命延绥总兵杨肇基担任三省剿匪提督、杨鹤担任三省剿匪护军使，并且把现任兵部尚书袁可立的儿子袁枢派来担任西北镇抚使后。他完全确定了自己的想法，认为皇帝把自己派过来，就是为剿灭陕西盗匪做准备。
一路上的遭遇，让孙传庭认为这点很正确。陕西的盗匪，已经到了不得不剿的地步。如果放任不管，就会像天启二年的白莲教之乱一样，发生一场大乱。当前陕西最重要的事情就是剿匪，不让盗匪蔓延。
如果再像三月份那样，发生饥民杀死澄城知县的事情，陕西的情况可能就变得不可收拾、到处都会生乱。
这些情况，孙传庭已写成奏疏，打算在巡察完整个陕西后，把情况上奏上去。
只是让他没有想到的是，就在他查访到临洮府时，朝廷又传来消息，任命他署理陕西巡抚。把陕西最菁华的西安府等地，交给了他治理。
这下他的踪迹再也隐瞒不住，陕西很多官员都知道，新任巡抚孙传庭，早已被朝廷派来秘密查访，说不定就在某个地方，看到他们的行为。
这让很多官员产生紧张，担心孙传庭看到什么，会对他们不利。
孙传庭这些日子已察觉到变化，发现自己秘密查访的阻力越来越大，再这样下去已经不能查访到实情，反而给地方带来压力。
甚至，说不定还会有人铤而走险，勾结盗匪谋害自己。
所以，面对孙福等人的再次劝说，孙传庭道：
“走吧，前面是凤翔府，过了凤翔就是西安，到那打出旗号。”
从家乡代州出发，过延绥、宁夏、固原、临洮，孙传庭本来打算往西去甘州诸卫，接到升任陕西巡抚的命令后，不好再去甘肃巡抚的辖区，所以他转而向东，打算把陕西巡抚的辖区转一遍。
只是让他没想到的是，自己秘密查访的事情传播得太快，很多地方官员都得知了消息。再从巩昌去汉中府已不可行，所以他打算去凤翔，然后直奔西安府——
西安那边的官吏，一定比其他地方注意他的消息。为了避免这些官吏骚扰地方，他决定亮出旗号，不让他们扰民。