徐渭认为，要想使得大明迅速将佐渡岛控制起来，对于这些倭国的什么贵族、武士、僧人等，只有一个办法，就是杀，杀干净之后将土地分配给岛上的百姓，计丁授田，同时从大明迁来军户，设置卫所、学校等，对岛上的百姓加以同化，没有这些旧贵族、武士的带头，就没人组织反抗大明，同时下层的百姓都得到了实惠，自然不会反抗大明，这样可以使得大明最快在佐渡岛建立起稳定的统治。
将佐渡岛作为大明征讨倭国的跳板，徐渭的方略就是速定佐渡岛，缓进越后，先让上杉景虎和上杉景胜拼一下，消耗掉他的实力，大明官军再出手，可以最大程度的控制住上杉景虎，将其作为大明的傀儡，对于徐渭的这个方略，朱载坖认为还是可行的。
朱载坖的看法就是朝廷对于倭国的经略不能急，因为现在朝廷不会在倭国方向投入大量的资源，还有就是战略目标要清楚，占领倭国并不是一个好办法，倭国值钱的就是他的金银铜等矿产资源，大明要的这些东西，而不是为了去将倭国占领，朱载坖没这个兴趣干这个事情，只需要控制一些关键的地方就行了。
朱载坖认为徐渭的这个方略相对是比较稳妥的，官军的稳扎稳打，缓步推进，同时投入也要收获回报，不能无限制的投入下去，否则的话朝廷是吃不消长期在海外大规模驻军的开支的。
除了方略之外，徐渭和吴惟忠等人还商量了具体的行军计划，水陆并进，水师先行，官军步卒、骑兵从大明出发，赶赴朝鲜，从朝鲜奔赴佐渡岛，同时朝廷水师和王直的船队先行一步，首先控制对马海峡制海权，然后转运粮秣到朝鲜囤积，官军大军从朝鲜出发，第一批由五千步卒组成，吴惟忠亲自指挥，目的是夺取兵占有佐渡岛，然后再以佐渡岛为攻击出发阵地，将官军大军和所需的粮秣给养从朝鲜转运到佐渡岛，然后再发兵越后。
对于徐渭和吴惟忠所拟定的计划，重臣们都没有什么意见，朱载坖也表示同意，朝廷已经传令朝鲜，为官军营建仓库，方便官军征讨倭国，这次是大明首度以水师为主的跨海作战，不仅官军的水师、王直的船队要参与进来，为了转运大军以及随军的战马、粮秣、军器等物，朝廷还要雇佣大量的民间海船为朝廷服务，所以朱载坖将上杉景虎进贡来的金三万两，银三十五万两拿出来，铸成银钱共七十二万，充作军费。
同时官军也不能闲着，在倭国作战，要进行针对性的训练，戚继光、俞大猷等人要对赴倭作战的官军进行临战训练，戚继光主要负责阵法，以鸳鸯阵、三才阵等为主，而俞大猷则主要负责官军的单