内阁和部院重臣，商量此事，对于重新设立司农寺，其实朝廷内部倒是没有那么多的异议，很多有识之士早就发现大明由于缺乏仓储，使得朝廷在应对地方的水旱灾荒的时候极为无力，大明的荒政远远不如两宋。
不过现在的问题是朝廷已经设置了总督仓场管理京通仓，那么司农寺和总督仓场之间的关系应该处理，这是重臣们要请求朱载坖圣裁了，鄢懋卿等部院大臣们认为，司农寺既然是作为总管盗卖那个仓储的衙门，那么原本的总督仓场就应该撤销，将一应仓储事务全部由司农寺管理。
但是内阁不这么认为，因为司农寺只是正三品衙门，说白了和户部是有很明确的隶属关系的，如果将总督仓场撤销并入司农寺的话，户部的权力就过大了，内阁希望将户部在仓储上的权力予以分割。
内阁的建议得到了朱载坖的支持，朱载坖也认为总督仓场的仓库和司农寺的仓库是有区别的，司农寺的仓库主要是常平仓、广辉仓、备荒仓的仓储，主要是应对灾荒、调节物价的仓储，而总督仓场的仓储，主要是支付官俸军饷，支应大军征伐的，两者的用途不同，不能够混同。
所以朱载坖认为司农寺要重建，然后在大明各布政使司和重要的州县，要建立备荒仓储，由司农寺管理，不过在大明一下子建立这么多的仓库，需要的投资太大了，即便是现在朝廷的财政还尚且充裕，仓库的建设，还有各种粮食的购买，都是需要大量的银子的。
不可能一蹴而就，朱载坖和内阁、户部商量了之后决定，优先在直隶、河南、陕甘等地建立常平仓、备荒仓等仓储，因为这些地方都是大明最容易发生水旱灾害的地方，而且由于这些地方都是相对比较穷困的，地方州县官府力量也薄弱，所以必须要朝廷出资兴修仓储。
朱载坖在重新组建司农寺的诏书中明确说道：“州县常平仓，付司农寺系帐，所收钱谷羡利，止委本寺专掌。常平、备荒二仓，实系朝廷要政，不可不重也！”
朱载坖不仅重新设立了司农寺，而且在地方建立常平、备荒两大仓储体系，朱载坖在诏书中说明常平仓和备荒仓的经费来源和用途，诏书中说道：“朝廷虽按籍而索，锱铢皆入朝廷，未为不可。然且犹存上供之名，取酌中之数定为年额，而其遗利则付之州县桩管，盖有深意。一则州郡有宿储，可以支意外不虞之警急。二则宽于理财，盖阴以恤民。承流宣化者幸而遇清介慈惠之人，则上供输送之外，时可宽假以施，若不幸而遇贪饕纵侈之辈，则那计优裕之余，亦不致刻剥以肆毒，所谓损上益下者也。呜呼，此朕之深意，