九边大学士张四维向朱载坖上疏，严厉参劾户部驻宣大三镇的管粮郎中、主事，还有三镇负责军储的军官，贪赃枉法，致使边镇军储缺失，官军粮秣不足，朱载坖揽奏盛怒，责令户部尚书鄢懋卿、左都御史海瑞严查此事，朱载坖在上谕中明确说道：“军储干系甚大，岂可轻忽？官军粮秣，断不可缺少，涉案官吏，一体纠劾，送法司严审，所亏军储，务必补齐！”
张四维作为巡视九边大学士，当然主要是负责发现问题，而不是解决问题的，朱载坖下旨任命工部尚书兼文思院使严世蕃权右都御史与户部左侍郎王国光一道，赴山西查办军储亏空一案，朱载坖力排众议，选择严世蕃和王国光两人也是经过朱载坖的深思熟虑的，严世蕃就自不待言了，当年威名赫赫的小阁老，在贪墨这条赛道上，绝对是妥妥的宗师级人物，对于这些小虾米的手段，严世蕃不要太清楚了。
王国光也是精于会计的人物，朱载坖就是要借用他们两人的才干，去整肃军储，朱载坖很清楚，军储一向是大明贪墨的重点，这一本烂账，可不好弄。
朱载坖专门召见了严世蕃和王国光两人，朱载坖问道：“这军储一案，二位有什么看法啊？”
严世蕃认为，这军储中的贪墨，虽然名目众多，但是万变不离其宗，总归不过几种途径，一来就是伪报，也就是通过伪造朝廷的各种的文书，将仓库中的各种物资转走变卖私分，二来就是虚报，也就是以少报多，在正常进出库的时候做手脚，三就是各种陋规了。
王国光也赞同严世蕃的看法，这些账目只要认真查，肯定是能够查出问题来的，不过朱载坖不仅仅是为了查办军储亏空一案，还要以此建立一整套制度，防范军储亏空，保障士卒的伙食标准，朝廷现在大幅度增加军士的伙食，这些贪官污吏们肯定又要想办法从中上下其手了，朱载坖是不能容忍这种行为的，所以朱载坖要求严世蕃和王国光查看军储的实际情况，保障士卒和官军的军粮。
受命之后的严世蕃和王国光立即赶赴山西，查办此案。
而参赞军务大臣顺宁侯俞大猷、蓬莱侯戚继光向朱载坖上疏，要求详定甲胄形制，保障大明的军备，大明和前宋在甲胄的路上是走了两个极端，前宋多重甲，其中的步人甲防护力惊人，但是也过于沉重，对士卒的体力消耗过大，而大明由于火器的增加，多使用轻甲，不太喜欢用重甲。
但是俞大猷、戚继光等人认为，在现在的官军中还是要配置一些重甲，主要是用于长枪、杀手队等近战肉搏的士卒，有重甲的保护，可以有效的减少伤亡，同时火铳、