朱翊釴说明情况之后，由朱翊釴向朱载坖请旨拿捕。
陆绎得旨之后，就立刻和刑部尚书洪朝选沟通，从刑部调集刽子手，准备行刑，同时拿捕这些奸商，朱载坖也下旨给领侍卫内大臣严绍庭，要求他从亲军诸卫中抽调两卫一万一千人，加强京师的警卫，配合五城兵马司弹压京师，同时将腾骧左卫、武骧左卫调入大内，加强宫禁。
朱载坖一边忙着处理这些犯罪的官吏，一面要召见吏部，选拔新的官吏，接管这些仓库，同时朱载坖也在思考，要变革大明的仓库管理制度了。
大明的库藏管理实在是太过于零散的，这种零散的管理实在是疏漏太多，给这些硕鼠有机可乘。
朱载坖于是召集内阁辅臣，户部尚书鄢懋卿、户部尚书总督盐政钞关王国光、吏部尚书张瀚等人商量怎么样杜绝仓储贪腐。
次辅张居正提出了自己的看法，他认为仓储弊案频发，最主要的原因还是大明的财政过于零散，大量的实物税充斥其中，朝廷不但要征收银钱、粮食、布匹、丝绸，还有其他各种杂七杂八的实物，这些实物有时候对于朝廷并非是什么有用或者常用之物，一时无用，就储备于仓库中，往往长期不用，这就给了这些官吏们上下其手的空间。
所以张居正认为，应当省并税则，增加折色，减少本色，压缩这些官吏们上下其手的空间，朱载坖认为张居正说的是有道理，之前朱载坖没有大规模实行折色，主要是担心对于普通百姓的伤害过大，但是现在针对的是这些杂色税收，影响的人相对较少，确实是应该予以省并。
朱载坖认为，本色之中，粮食、布匹、丝绸不用折色，因为这些都是朝廷必需的物资，同时布匹、丝绸在现在也都可以充当货币，还可以与西洋进行交易，其他的杂色实物赋税，能够省并的，就予以省并折色，数量太少可以直接取消，减少百姓的负担，除了有军国之用，必须本色征收的物资之外，其他的能折色的尽量予以折色，不给这些贪官污吏以机会。
另外一个问题就是要加强对于这些仓库的监管，大明不是没有管理仓储的机构，但是总督仓场驻节通州，主要是管理京通仓的事务，对于户部的其他仓库，除了太仓银库直接在户部的管理之外，其余的仓库虽然名义上归属户部管理，但是户部能有多少时间来管理这些仓库，那就只有天知道了。
这种过于粗放的管理也是使得仓储弊案频发的原因，朱载坖认为，应该专门设立一个机构，将大明的仓储统一管理起来，除了银钱直接进入太仓银库，粮食进入京通仓之外，其余的所有物资，也都应