求厂卫用刑拷问，对于这些人，朱载坖才不管什么人权，只要不弄死就行，用刑无所谓了，朱载坖现在是搞清楚事情的原委。
同时户部尚书刘体乾向朱载坖请辞，虽然此事和刘体乾其实没有多大的关系，但是言官们弹章纷纷，要求刘体乾为此负责，刘体乾也深知，此事肯定是要有部堂大员来为此承担责任的，朱载坖也没有挽留刘体乾，批准了刘体乾的致仕，同时任命原户部左侍郎鄢懋卿为户部尚书，原户部左侍郎王国光加户部尚书衔总督盐政、钞关事务。
而在太子朱翊釴的督率下，陆绎和锦衣亲军和冯保的东厂开始抓捕涉案的官吏，不仅是太仓的官吏，还有户部的其他官吏也被逮捕，同时新任户部尚书鄢懋卿请求不仅对太仓银库予以核查，同时对京通仓等户部管辖的其他仓库予以全面核查，查看是否有贪墨的行为。
除此之外，朱载坖也命令科道言官会同司礼监检查内承运库，太仓不干净，朱载坖可不会认为自己的内承运库就是什么白莲花，太仓有的弊端，恐怕内承运库都存在，朱载坖正好借此机会，对内承运库也一道予以清理。
朱载坖让李芳和陈矩两人负责会同户科给事中们，对内承运库予以清查，都察院的御史们会同厂卫对于京通仓、户部下属的甲、乙、丙、丁、戊字库等进行全面的清查。
事实证明，朱载坖的预计是正确的，不管是内承运库还是京通仓、户部所属的其他仓库，都不同程度的存在各种各样的问题，京通仓粮食短少，储存物资的仓库物资被调换，以次充好，太监盗取内承运库银钱等，都存在这些事情。
但是令朱载坖没有想到的，相对情况更好一些的，竟然是朱载坖的内承运库，内承运库短少的银两不足十万两，和内承运库高达千万两储蓄相比，还算能够接受。
不过朱载坖也没有放过这些人，凡是清查出来的涉及盗取内承运库银两的太监，全部移送厂卫严审，同时朱载坖任命陈矩提督内承运库，详细登记账目，一式三份，一本存库，一本存司礼监，一本由朱载坖亲自掌握，防止出现情弊。
而问题严重的是在户部储存物资的各个仓库中，按照规定，甲字库掌收铜钱、布匹、颜料，乙字库掌收衣服、衾帐、纸札等物；丙字库掌收丝绵、纱线；丁字库掌收铜、铁、锡、香、茶、蜡诸物；戊字库掌收毡衫、胡椒并支收军器；这些仓库主要是用于储存朝廷的各种物资的。
由于物资的数目巨大，不像银两那样容易清点，再加上朝廷对于太仓银库盯得紧，对于这些仓库的管理就没有那么严密了，这就给了这些管