中的予以抓捕，这么多的银子，不可能是一时半会就能够盗窃的。
同时朱载坖命令左都御史海瑞从都察院审计署抽点精于审计的小吏和精明强干的御史，再从国子算学中抽调一些身家清白，老实可靠的生员，用以盘查户部的账目，查看是否有其他的贪墨的情况。
同时对于历任的管库官员予以逮捕，朱载坖仔细查看户部有关太仓银库的管理条例，根据户部的规定：监督陪库主事每日早赴库外，西门放风之时，务要亲督开库，及该日官攒将出入军斗严加搜检，若有夹带，当时搜获，即行呈究正法，其有冒名及更替原进人役者，追审情节从重究处，不许仍前怠忽，不行细检，致有疏失。
按照道理，库丁进出银库，都是有官员监督的，而这些库丁盗取官银至二十八万两之多，这些管库官员却一无所知，若非这次清点银两，还不知道官银失窃达二十八万两。
而且随着调查的深入，太仓在此案中的损失还在增加，刘体乾在案发之后将所有的库银再次检查之后，发现太仓新老库中均有假银的出现，这是绝不可能的事情，太仓的银两，在入库的时候就经过严格的检查，保证银两的成色、重量无误，绝不可能有假银掺杂在其中的。
唯一的可能就是这些朝廷的足色官银被人掉包了，所谓假银，就是成色不足的银两，一般七成以下的银子，就是被称为假银，假银有很多不同的种类，如伪银有鼎银，一烧则烟起，去了水银却有六分好银。其余假银宜于细辨验，好银性软，插铜则硬，擦之则红。凡假银只用磨擦、一烧即见。又有做得好者，烧四出火。
有各种不同名目的假银，如赤脚汞银、吊铜、铁碎鏪、钞仔铜、漂白鏪、江山白、华光桥、倒插铅，还有各类饼银如焦心饼、倒茅饼、铁线饼、神仙饼、糁铜饼等，这些假银一般是在银两倾镕过程中掺杂铜、铁、锡、铅等贱金属，伪造成较高成色银两。
刘体乾认为，这些银两肯定是被人掉包了，和老库库银失窃是一伙人所为，但是朱载坖则是有不同的看法，正常来说，户部收解税银，确实是不可能收解到假银的，地方官员也不敢以此来欺骗太仓，所有的解运到太仓的官银，都是有记录了，银匠、州县官员、时间在银锭上都有记录，一旦出事，就可以层层追查的。
而且太仓负责收银的官吏都是积年老吏了，他们对于银两是十分的熟悉，假银要想骗过他们，是不容易的，所以乍一看刘体乾的想法是有道理的，最大的可能就是这些人最开始是掉包官银，然后胆子大了之后就是盗窃官银。
但是朱载坖认