认为这还远远不够，要将整个财政系统予以梳理，在张居正的奏疏中，将大明现在的财政收入分为了三部分，第一是田赋，张居正认为这是根本之税，虽然现在田赋在大明的财政收入中所占的比例已经大为下降，但是张居正认为田赋不得不重视，因为田赋干系着大明的百姓，现在大明的绝大多数百姓仍然是农民。
田赋是干系到大明大部分百姓生计的事情，必须要加以重视，而且田赋中的本色、漕粮等，更是干系到朝廷的军国之用，九边的军储军粮，必须要重视，张居正认为，对于田赋，要丈量以清其源，条鞭以均其派，尽可能在保证朝廷所需的情况下减轻百姓负担，打击土地兼并。
第二个部分就是国内的各种税收，包括商税、钞关税收、盐税、茶税等各种国内的税收，这些税收的主要作用有两个，一来是为朝廷提供赋税，二就是满足朝廷的各种需求，比如盐税对于九边军储的作用，还有就是茶叶对于制衡北虏的作用，还有钞关对于物价的平抑作用，张居正认为，国内的各种税收，要轻其轻税，重其重税，对于老百姓所日用的物资，如布匹、粮食等物，要尽可能的少征，甚至是免征税收，而对于一些奢侈品，如丝绸等物，要重科其税。
第三个部分就是关税了，关税是现在朝廷现银的主要来源，对于朝廷来说是很重要的，张居正认为，关税最大的作用就是为朝廷提供财政支持，所以要完善税率，打击走私，提高关税收入，为朝廷增加财源。
张居正认为，朱载坖虽然设立了一整套的机构来负责税收的征缴，但是这些机构也导致户部的财权分散，张居正建议，建立一个以户部为核心的财政衙门，厘清大明的整个财政系统，将朝廷和地方藩库的分成等事情厘清。
朱载坖认为张居正说的还是很有道理的，朱载坖当即召见了张居正，两人在文华殿密谈，朱载坖说道：“张师傅受委屈了！”
张居正说道：“臣不敢言委屈，但凭陛下吩咐。”
朱载坖笑着说道：“首辅之位，固然是荣耀，但是朕以为张师傅是做事之人，不会在乎这些事情。”
不在乎才怪，朱载坖当然知道张居正很在乎，但是朱载坖还是向张居正解释了自己的这么做的原因，朱载坖认为当下的改革已经进入的很深的地域了，各种政治博弈和有关利益的斗争将会更加的激烈，在这个时候，李春芳相对温和谨慎的特点有利于朝廷各项新政的推行。
按照朱载坖的想法，李春芳站在台前，张居正在幕后，李春芳负责调和朝廷内部和地方的各种利益关系，而张居正则负责推动改