从严大计，因为朱载坖很清楚，这三个部门是猫腻最多的，吏部主官全国文官的考选升迁，尤其是吏部文选司和考功司，没有问题才是怪事，还有户部和兵部，都是有大量钱粮经手的衙门，出现贪官污吏，是一点也不稀奇。
所以朱载坖要求海瑞等人从严审核，对一时无法核实清楚的，将之交锦衣都司，由锦衣亲军负责查实。
而在大计的时候，左都御史葛守礼奏请朱载坖，请求由都察院在大计之后进行拾遗，这其实是之前京察和外察时的旧制，有不公者许令科道官指实劾奏，南京各衙门照例考察，有不公者令南京科道劾奏。拾遗对于科道来说是非常重要的权力。
按照葛守礼早奏疏中所称：“科道之设将以补阙拾遗、举正欺蔽，是以每当考察之后，例必纠正。”
而且之前科道拾遗的力度之非常之大的，葛守礼在奏疏中称：“旧制，京察之岁，大臣自陈。去留既定，而居官有遗行者，给事、御史纠劾，谓之拾遗。拾遗所攻击，无获免者。凡部院所考属官有遗未处者及自陈未处之大臣，科道官皆可以拾遗纠劾之。”
凡是被科道拾遗弹劾的，几乎没有不被罢免的，可见科道拾遗的威力，而且科道拾遗之后，决定权在皇帝手上，科道官纠拾自陈大臣时，被纠劾者的处置亦由皇帝直接负责裁定。
葛守礼在奏疏中认为，由科道行使拾遗权，可以使司考察者畏清议而不敢不公，被考察者仗公论而不患不当，是保证大计公正的重要的手段。
而内阁的御批也是赞同科道行使拾遗的，朱载坖思考了一阵之后，认为科道的拾遗也确实是重要的监察手段，不是每一次的大计都有海瑞这样的人，一旦所托非人，那科道拾遗的威力就可以发挥出来了，由科道拾遗的威慑在，使得主持大计的重臣不敢包庇同党。
朱载坖随即同意了葛守礼的意见，准允吏科和都察院在大计之后行使拾遗的权力，但是不准风闻言事，必须要确有证据才行，同时监察御史和给事中在大计完成之后可以查阅审核大计的各种材料，发现有问题的，可以直接向朱载坖陈奏。
而对于被大计黜退的官员，依照京察和外察的旧例，永不叙用，同时朱载坖命令吏部尚书杨博，对空缺的职务立即选拔官员补缺，不拘出身，不管是进士举人这样的科举正途出身，还是吏员考选而来的，只要符合条件，都可以选任。
而正在朱载坖与内阁推动大计，准备刷新吏治的时候，从陕西三边和蓟镇发来的塘报使得朱载坖不得不重视起来了，提督陕西三边军务、丰州伯马芳向朱载坖上奏，称套