赃银中拿出部分补偿百姓，也是题中应有之义，现在的问题是应当怎么处理此案。
朱载坖将海瑞送来的卷宗下刑部，责成三法司会审此案。
同时召见了内阁辅臣，商量善后事宜，朱载坖认为，天下的寺院，有少林寺这样的情况的并非少数，他们可能只是没有少林寺的这样夸张罢了。
朱载坖要求吏部和刑部行文地方，要各府州县严查辖区的寺院庵观，有不法事者，立即查办，若有迁延推诿者，责成巡按御史严参，其次就是对于寺院兼并土地问题，之前朱载坖对于寺院的土地是采取清丈的行为，但是经过此事，朱载坖认为这些所谓的寺院庵观，最好是不要拥有土地的好。
朱载坖对阁臣们说道：“诸位，这些寺院庵观，既不从事工农之业，也不教化百姓，彼辈坐拥田土，以地租为食，与蠡虫何异？”
对于朱载坖的这个看法，阁臣们也是认可的，但是骤然没收这些寺院庵观的土地，会让人诟病的，人们会认为朱载坖是为了敛财才这么办的。
朱载坖不以为意的说道：“背地里骂朕的人多了去了，朕要是担心这个，还当什么皇帝。”
朱载坖要求除了御赐土地之外，各寺院庵观的土地一律没官，按照度牒上的人数，人给五十亩耕种，多余的土地一律入官，按律起科，这些其实对于大部分的小寺院来说是有好处的，一些只有几人、十几人的寺院，反而可以获得更多的土地，朱载坖真正打击的就是那些大肆兼并土地的大寺院。
同时对于朱载坖来说，眼下最关心的就是禁绝所谓武僧这样的东西，朱载坖对诸位阁臣说道：“儒以文乱法，侠以武犯禁，此常理也。彼辈武僧，倚仗武力，对抗王法，岂有此理，天下寺院，自即日起不得豢养武僧，违者以谋反论处。”
对于这点，内阁辅臣们还是同意了，寺院拥有武力，这本就是很离谱的事情，天下的武力都要朝廷的手中，断无什么僧兵、武僧之说，若是向武当山这样习武强身健体，自无不可，但是组织僧兵，豢养武僧，充当打手这种行为决不能允许。
按照朱载坖的要求，内阁和翰林院起草了诏书，朱载坖看过之后用印发出，昭告天下。
而三法司也将会审的结果上奏朱载坖了，了尘等一干罪大恶极的恶僧，予以凌迟，悟通、正道等其余僧人，依照罪行的不同，从腰斩到绞立决不等，而涉案的河南通省官吏，却被三法司有意无意的避开了，三法司认为这些官吏们事涉贪墨、枉法等罪，要另案处理。
朱载坖当即将三法司的奏疏给打了回去，并且御批道：“