太原中盐，于商人更为便利，但官府还需组织人力将所得的米粮等物转运大同，才可用于军饷发放，显然这笔费用是要加到盐引价格上的。太原到大同不足300公里的距离每石要加价3斗，所以商运的价格大同仓入米一石，太原仓入米一石三斗者，给淮盐一引，引二百斤。
之前在西安也实施过商运，嘉靖八年，西安府等应解甘肃钱粮，免其民运。每粮1石征脚价1钱，连粮征银、布交收府库。
所以商运还是现在比较可行的办法。
而军运，则是用于在靠近边镇的地区，这些地方往往相对比较危险，道路也很崎岖，无论是商人还是百姓都不愿前往，这种情况下，只能由边镇官军自己组织运输，高拱认为，九边三大防区和各镇都应该效法蓟镇，组建辎重营，专门负责转运粮秣，保障军需，这样的话才能尽可能的既减少朝廷的开支，就增加军储。
朱载坖对于高拱看法还是十分支持的，他对高拱说道：“高师傅，若如此军储可增矣！”
高拱说道：“陛下，现在可虑的就是盐引之事，若不能解决此事，恐怕难以解决军储。”
朱载坖也知道，关键的问题就是朝廷必须给边商支付能够兑换食盐的盐引，这样边商才有利润帮助朝廷运输粮食。朱载坖想了一下，对高拱吩咐道：“高师傅，此事事关重大，高师傅要亲自办理，朕已召两淮巡盐御史庞尚鹏赴京师，户部左侍郎总督仓场王国光亦精于财计，高师傅可同他们还有鄢懋卿商量出一个办法，再条陈上疏。朕将此事就托付于高师傅了。”
朱载坖很清楚，改革盐政是一块硬骨头，李春芳这样的好好先生是干不了这事的，必须要是一个有魄力有胆识的大臣才能领衔此事，高拱在朱载坖心目中虽然没有李春芳圆滑，但是做事雷厉风行，是推动此事的不二人选。
同时朱载坖还发布诏书，明确九边督抚和户部管粮郎中、主事、兵备道还有御史的权责划分，同时要求在九边三大防区建设军储仓库，用于收储本防区的粮秣、军器等物资。
经过兵部、户部以及九边督抚的商量，陕西三边的军储仓库设立于固原镇固原卫，宣大山西则设立于大同府，蓟辽则设立在天津卫，户部派驻的管粮郎中即驻扎于此，负责接受转运而来的粮秣物资，同时向各镇拨发。
而九边各镇除辽东镇之外，也在各镇镇城兴建本镇的仓库，由户部派遣管粮主事加以管理，而辽东镇由于防线漫长，要设置两处仓库，即广宁卫河沈阳中卫，相应的也要派驻两位管粮主事。
除了九边军储仓库的建立以外，专