想也是有他自己的想法的，毕竟朝廷在东南的主要目的是推动新政，而不是消灭士绅。
有士绅也对朝廷是有一些用的，所以要将此案交给张居正去处理，尽可能的借此案之手，将反对新政或者说跳出来反对新政的士绅予以清除，为朝廷后续推动新政扫清障碍。
朱载坖同意了高拱意见，下旨将此案交给张居正和严绍庭办理，接下来就是追究责任的时候了，因为胡宗宪在奏疏中将所有的罪责都揽到了自己身上，称是由于他误判了形势，导致歹人得手，得以焚烧府衙，并非是苏州知府蔡国熙的责任，而且有高拱在御前极力为蔡国熙开脱。
臣子们都将矛头对准了浙直总督胡宗宪，认为他应当对此事承担责任，主要是胡宗宪在朝中的人缘实在是太差了，此公一向倨傲，不把朝廷这些大员当回事，当年就得罪了不少人，现在更是没人为他说话，胡宗宪自己也很清楚这点，所以主动将责任揽下来，算是卖给高拱一个人情，毕竟朝廷现在谁不知晓蔡国熙是高拱的得意门生啊。
高拱也很清楚胡宗宪的打算，帮胡宗宪说了两句，高拱说道：“陛下，胡宗宪固然有过失，但是究其原因，仍然是逆党作乱，且并未有失陷府城的大罪，亦不宜惩处太过，致伤臣僚之心。”
朱载坖听了之后也是说道：“高师傅说的不错，胡宗宪毕竟是有大功的，不宜重处，这样吧，罢其兵部尚书总督浙直之职，仍以兵部左侍郎兼户部左侍郎提督海关衙门，以观后效。”
做了这些决定之后，朱载坖除了将内阁辅臣留下继续商议后续问题，其他的官员各自回本衙办公去了。
而在苏松，张居正、蔡国熙等人以铁腕恢复了苏松的秩序之后，张居正坐镇苏州，杨继盛坐镇松江，重新开始征缴赋税，这次的赋税征缴就进行的相当顺利，无论是本色还是折色，征缴速度都很快，尤其是折色，张居正要求尽量缴纳银两。
同时发出督师大令，要求苏松的粮食必须按照三钱银一石的价格收购粮食，否则就是逆党同谋，什么？你不开业？那你就是对朝廷新政心怀不满，腹诽圣天子，去严指挥那里报到去。
在朝廷的强大压力下，这些粮商不得已按照朝廷指令的价格收购粮食，以供百姓去缴纳赋税，其实这些粮商们以三钱收购粮食，并不会亏本，只是赚的少了些罢了。
而且陈矩从京师带来的嘉靖制钱倒是很受民间的欢迎，因为嘉靖制钱铸造精美，份量实在，又是黄铜铸造的，外观好看，百姓们都很喜爱，使得铜钱的价格上涨，不少百姓愿意将粮食卖给陈矩就是为了获取嘉靖