尚书杨博等人再次补选科道言官，着重从考绩优良的举人出身知县中选取科道言官。
隆庆元年本来就这样过去了，没想到，隆庆二年一开年，海瑞就给朱载坖上了一疏，搞得朱载坖有些措手不及，顺天海瑞上疏称，顺天等府的土地兼并情况同样严重，请求朱载坖依南直隶事，清丈顺天等直隶府县。
海瑞的想法当然是好的，但是直隶和南直隶的情况不一样，南直隶土地兼并多是士绅，而直隶的土地兼并，多是勋臣、宗室和权贵，要清理起来还真是有些难度。
但是海瑞既然已经上疏，朱载坖就不能置之不理，朱载坖将海瑞的奏疏下内阁及六部商议，内阁收到海瑞的奏疏之后也是极为头疼，从道理讲，确实应该清丈直隶的田亩，现在北方的流民日益增加，再不解决确实是大问题了。
但是北方的土地兼并又和南方的土地兼并行止有所不同，再北方大量侵占田产的，主要是朝廷的权贵和宗室亲王们，还有皇庄等皇室的资产，钦赐给公主、宦官、功臣、亲王的土地也是数量极为庞大的，这个清理起来，不得不极为慎重。
尤其是有关王庄，和宗禄问题有息息相关，这个问题极为敏感，一方面这些亲王们占有了极为庞大的田产，又不向朝廷纳税，另一方面就是底层宗室的生计艰难和宗禄的短缺，这个问题朱载坖也不得不慎重处理。
朱载坖将海瑞的奏疏下部议之后，如石沉大海，毫无回音，朱载坖还没有催促此事，海瑞就继续上疏，要求在北直隶清丈田亩，言辞比上一次等价激烈，朱载坖很清楚海瑞的性格，此事不给他一个说法，恐怕是很难善了的，况且不管是宗室问题还是流民问题，也都是必须要解决的问题。
朱载坖于是召集内阁，就海瑞的奏疏的问题商量起来，海瑞的奏疏所言，确实是正当的，清丈田亩，还田于民，才是防止出现流民的根本办法，朱载坖对于海瑞的请求是支持的，但是到底应该怎么操作，这才是个问题。
徐阶说道：“此张文忠（张璁）之故事也。”
徐阶认为，可以就按照张璁当年推行嘉靖新政时的措施来，当年张璁任首辅，查勘京畿勋戚庄田528处，计57400余顷，其中26000余顷分别还给业主等。撤回管庄军校，严定禁革事例，不许再侵占或投献民田，违者问罪充军，勋戚大臣亦参究定罪。
对于皇庄等事项，朱载坖也认为应当清理，将弘治以来的皇庄全部裁撤，还有就是寺院、道观的庄天也要严格清理，发还给百姓耕种。
高拱则是坚决支持海瑞，要求清丈田亩，高拱