严厉整顿书院，将所有书院纳入官办，不允许私人办学。
对于私人书院，张居正认为应当严厉打击，凡是不奉明旨私自创建，令有司改毁，同时制定约束士子的规章，张居正在奏疏中称：毋及朝廷利害、边报差除，毋及官长贤否、政事得失，毋及各人家门私事与众人所作过失及词讼请托等事。
这样的话，让学校回归教书育人的本职，可以远离政治纷争，还书院一片净土。
张居正的奏疏到了朱载坖的案头之后，朱载坖是大为赞赏，认为张居正的奏疏极为合适，当即召集内阁和吏部尚书杨博、礼部尚书高仪，要求尽快将张居正的奏疏变成朝廷的法条实施。
对于张居正的奏疏，高拱等人是极为支持的，他们和张居正一样反感这些生员士子议论国事，甚至用所谓的士林清议干扰朝廷行政，但是徐阶和李春芳则是态度暧昧。
徐阶和李春芳很清楚，张居正对所谓的心学不感冒，甚至对于心学中的何心隐之辈极为鄙视，他们担心一旦朝廷将所有书院收归官办，会以朝廷的力量支持理学，打击心学，所以态度有些暧昧。
朱载坖当然知道徐阶和李春芳在犹豫什么，他对两位阁臣说道：“即便是官办书院，也可以讲学，但只不议论朝政，煽惑人心即可。”
此事有高拱、张居正和杨博的全力赞同，朱载坖也要力推此事，再加上朱载坖已经答应在官办书院中也可以传播心学，徐阶和李春芳也就答应下来，朱载坖随即下令礼部制定相关法令，而指令督师南京的张居正在将浙直等处的书院收归官办，从速办理。
张居正一直不见这些士子们，在无锡的严绍庭也就将华府围起来，和无锡县的士子们对峙，但是双方的矛盾是在不断地积累当中的。
终于，隆庆元年十二月二十一日，大寒，从京师来的急递送来了朱载坖的上谕，要求张居正将浙直等处书院收归官办，由学政加以管理，同时不准生员议论国事，这下无论是在督师行辕外想找张居正要个说法的士子们还是他们背后的士绅们都暴怒了。
没想到张居正和他们玩阴的，明里拖延时间，背地里却通过密疏向朱载坖请旨，给了东南士绅们后心一刀，将书院收归官办，严禁士子议论国事，这两条就是为东南的士绅们和士子们量身打造，就是为了收拾他们，张居正现在上谕在手，才不怕有人敢闹事呢。
随即张居正下令督师标营参将吴惟忠率兵进城，与南京守备恭顺侯吴继爵一道维持秩序，严防士子们作乱。吴继爵立刻指挥南京京营的官军加强文庙、督师行辕、孝陵的防护，孝陵