心腹爱将，和戚继光作对，绝对没有什么好果子吃，所以他一上来就表示自己听从戚继光的指挥。
至于那些破落勋臣子弟，戚继光可就没有那么客气的了，敢干犯军法。戚继光当即就遣人重惩，敢反抗？戚继光手上可是有天子剑的，宰了你连说理的地方都没有，何况京营这帮士卒，久疏战阵，根本不是如狼似虎的浙兵的对手，几次比试都被浙兵狠狠的按在地上摩擦了。
不仅是近身肉搏不及浙兵，就是神机营为引以为傲的火器，也是远远不如浙兵。
戚继光这才晓谕三军：凡武艺，不是当应官府的公事，是你来当兵防身立功杀贼救命本身上贴骨的勾当。你武艺高，决杀了贼，贼如何又会杀你。你武艺不如他，他决杀了你。若不学武艺，是不要性命的呆子
要求神机营将士按照浙兵的训练模式加以训练，同时戚继光派遣进入神机营中的军官们也起到了骨干的作用，经过数月的整顿，神机营至少勉强成军，上城防守不成问题。
这次吉囊将三万虏骑分成数股，在蓟镇试探官军的虚实，戚继光则将神机营一分为九，以营为单位，补充进蓟镇各关隘城寨之中，戚继光则自提浙兵和吴惟忠部，作为机兵，随时准备支援一线。
而吉囊则指挥北虏，在各处试探官军的虚实，面对北虏的挑衅，戚继光下令沿边守军以火器退敌即可，闭关自守。戚继光随即向朱载坖上疏，陈述自己的看法，戚继光认为，吉囊部绝非俺答的主力，而是偏师，俺答的目的不在蓟镇，而在大同。
不仅是戚继光，杨博、江东等人也都是这么认为的，朱载坖立即传檄曹邦辅、马芳，要求他们严守边墙，痛击俺答。
隆庆元年九月，俺答兵分三路，大举入寇，从山西、蓟镇、宣府三路进攻大明，黄台吉领兵二万袭扰宣府，吉囊与土蛮部合兵，兵力达到五万，再次向蓟镇发动进攻，而俺答则亲率六万骑，直取老营，意欲从山西破口，威胁大同镇的侧翼。
九月初八日，宣府和蓟镇的情形到了最危险的时候，黄台吉和吉囊在宣府和蓟镇同日发动大举进攻，黄酋窥上谷、土蛮逼滦河，宣府、蓟镇同日告急，令朝廷为之一震，连杨博也没有想到，这次俺答入寇的规模如此之大，超过十万北虏，分三路入寇，一时之间京师流言四起。
内阁建议戒严，但是被朱载坖拒绝了，朱载坖认为形势还远没有到这个地步，虽然俺答气势汹汹，兵分三路，但是实际上真正危险的只有山西，蓟镇到现在还没有战报传来，说明至少没有破口，黄台吉率兵两万，只是为了牵制宣府的官军，不使