镇守总兵官设立的目的，就是为了保证边境安全。在战时，镇守总兵官要负责带领军队出征。在太祖、成祖、仁宗宣宗时期，总兵总揽军务，权力极大，而自正统以来，镇守总兵官的地位呈现出不断下降的趋势，与之相反的，军镇内部镇内部的文官系统、宦官系统权力开始抬头，不断侵夺总兵官的权力。
嘉靖以外藩入继，与宦官的关系较为疏远，所以在继位之初，就惩处了一批在前朝恶迹昭彰的内官，作为树立威信的手段。加之自嘉靖二年以后，军镇中频繁发生士兵哗变的事件，镇守内官在军镇中侵占屯田、私役军士的恶行被公之于众，文官团体趁机发力，不断向嘉靖上疏，陈述宦官出镇之害。
嘉靖九年八月，巡按云南御史毛凤韶上疏，请求裁撤云南镇守太监，获得批准。有鉴于此,各级官员纷纷上奏，请革内臣。在得到嘉靖批准后，各地裁撤镇守宦官的工作陆续展开，直到嘉靖十八年五月,朝廷下令，命所有镇守内官其尽数取回，自后永无遣之，镇守内官制度就此终结，九边军镇正式进入文官领导的时代。
现在不仅是总督凌驾于总兵之上，巡抚、巡按每于年终各开总兵武臣贤否揭帖，从兵部奏请考察，总兵官的去留很大程度上要受到巡抚巡按的影响。
朱载坖在给嘉靖的密疏中说道：今各边总兵、廵抚，遇一敌、出一军、赏一有功、戮一不用命，皆不得自专，必须奏请，事由中制，而欲责之成功，不可得也。
不光如此，分守、分巡等官员的权力也得到加强,又有兵备道、督粮道等官，一个不断调整、扩大、完善的文臣领导系统在九边地区确立,形成总制、总督节制数边,巡抚、总兵文武分制,文官系统下设守、巡、兵备诸“道”，武官系统下设副总兵、参将、游击的格局。
而总兵官的地位就十分尴尬了，在上面，有督抚大员的直接领导，还有巡按御史的监督，而在下，副将、参将也对总兵形成了制约。
尤其是副将，是令总兵官最尴尬的存在，总兵而下又有副总兵，加以协守职衔，则事权隆重，则与总兵相等，本来按照朝廷制度，副总兵的职责，主要是协赞总兵整理军务，镇守地方，受总兵节制。但是实际上，总兵与副将之间互相争夺权力的事情是极为常见的。
原因也很简单，因为由于总兵、副总兵只是差遣，而非官职，而往往总兵与副将之间的官职几乎差不多，要想副将俯首听命，这就很难了，而且有时候朝廷还会故意制造这种职务差异，由都督同知充副总兵，而总兵的本官仅为都督佥事，这就会使得总兵与副将之